陳曉亞於1982年畢業於南京大學生物學系。此後赴英國留學,1985年在雷丁大學(英語:University of Reading)獲博士學位。 1994年起在中國科學院上海植物生理研究所從事研究工作。1999年中國科學院上海生命科學研究院成立後任職於植物生理生態研究所,曾出任所長、植物分子遺傳國家重點實驗室主任等職。[2]2005年當選為中國科學院院士,現任中科院上海生命科學研究院院長、植物分子遺傳國家重點實驗室主任、中國植物生理學會常務副理事長、國際棉花基因組協調委員會(ICGI)委員等職。 [3]2008年出任上海生命科學研究院院長,[4]同年當選開發中國家科學院院士。