查爾斯·戴維·阿利斯（英語：Charles David Allis，1951年3月22日—2023年1月8日[1]），美國分子生物學家，他曾擔任洛克菲勒大學的Joy and Jack Fishman教授以及染色質生物學和表觀遺傳學實驗室的主任。
阿利斯在紐約羅切斯特大學擔任博士後研究員。1981年成為休斯敦貝勒醫學院助理教授，1988年成為生物化學教授。1990年，在雪城大學任生物學教授，1995年成為羅切斯特大學生物學教授。1997年至1998年，他在大學醫學院任腫瘤學教授。1998年至2003年任維吉尼亞大學生物化學和分子生物學教授。自2003年以來是洛克菲勒大學的表觀遺傳學和染色質生物學教授，並任實驗室主任。
為了追求理解DNA-組織蛋白蛋白質複合物和允許基因激活的複雜系統，阿利斯的實驗室專注於通過組織蛋白修飾的染色質信號傳導 - 乙醯化，甲基化和磷酸化。 阿利斯以破譯影響染色質基本重複單元的調控機制而聞名。阿利斯不是第一個識別組織蛋白乙醯轉移酶活性的人（Cano, A. & Pestana, A. 純化和來自Artemia salina的組織蛋白乙醯轉移酶的特性，對H1組蛋白高效.Eur.J. Biochem.97,65-72（ 1979）），以及它在基因表達調控中的作用（Allfrey，VG（1970）Fed.Proc.29,1447-1460。）但他引起了對染色質功能的重新關注。組織蛋白乙醯化以及其他修飾（甲基化，磷酸化，泛素化）可構成「組織蛋白密碼」或「表觀遺傳密碼」。 雖然DNA密碼負責RNA和蛋白質的序列，但組織蛋白密碼可能最終負責該遺傳信息的表觀遺傳調控。 阿利斯通過含有組織蛋白乙醯轉移酶的轉錄共激活因子，在靶向組織蛋白乙醯化和基因特異性轉錄激活之間發現了關鍵環節。在進一步的研究中，他將組織蛋白磷酸化事件與有絲分裂和絲裂原作用聯繫起來，建立了組織蛋白磷酸化和乙醯化事件之間的協同作用，並闡述了「組織蛋白密碼假說」（及其擴展），這是控制表觀遺傳學的被引用次數最高的理論之一。
阿利斯的研究涉及染色質、脫氧核糖核酸和蛋白質的複合體。染色質在基因表達中起著至關重要的作用。阿利斯的工作是確定染色質的結構和功能的過程和化學變化。一個可能的應用是激發那些阻止腫瘤的基因，並抑制那些刺激腫瘤生長的基因。這項研究對人類生物學和人類疾病，特別是癌症的影響是深遠的，並且以驚人的速度繼續發展。
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