台湾原住民自治运动是指自1987年在台湾原住民族权利促进会发起的《台湾原住民族权利宣言》后，要求中华民国政府应该赋予台湾原住民自治权的一系列台湾原住民运动。目前，台湾原住民族自治问题已经提到台面。根据第三代人权观念的潮流，“自决权”应该是各地原住民族的“既有权”（inherent rights）。内涵包括参政权、文化权、财政权、补偿权等等。联合国现已有“原住民族权利宣言”草案送交大会，第三十一条规定“原住民以他们行使自决权的特定形式，有权针对其内部及当地事务进行自治或自组政府，包括文化、宗教、教育、资讯、媒体、健康、住宅、就业、社会福利、经济活动、土地及资源管理、环境以及非原住民的出入等各项议题，以及这些自治功能的途径与做法。”
部分原住民人士取法国际法中的民族自决理念，要求各原住民族成立民族自治政府，拥有独立财政与教育文化权利，各族与中华民国之间则定位为“国与国的关系”。政府与主要政党方面，1999年，陈水扁竞选总统时曾与各族原住民代表发表《原住民族与台湾新政府新的伙伴关系条约》，使得原住民族自治于2000年以后成为民主进步党政府选举时的主要诉求。立法院则于2005年1月通过《原住民族基本法》，确认原住民自治权，推动原住民自治区的设置。其中，第四条明定：“政府应依原住民族意愿，保障原住民族之平等地位及自主发展，实行原住民族自治；其相关事项，另以法律定之。”2014年，因应《地方制度法》修法，由山地乡改制的直辖市山地原住民区将重新获得地方自治团体身份。
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