澎湖水師協為臺灣清領時期軍事組織，隸屬綠營臺灣鎮，始於大清帝國將臺灣納入版圖的同一年（康熙23年，1684年），迄於光緒12年（1886年）調升為澎湖水師鎮，存在時間達202年。
澎湖水師協最高武官以副將為首，其下設左、右兩營，兩營各置游擊一員、守備一員。兵員共2,000人，哨船共36艘，分為十三處汛守。士兵採班兵制度，即來自福建、廣東軍隊論調臺灣，三年一換。乾隆47年（1782年），員額裁減142人，降為1,858人；同治七年（1868年）改制，左、右營裁撤游擊、守備，改由都司統率。
